Los contratos originales para la construcción de los primeros cinco tramos sumaban 130 mil mdp, pero se dispararon a más de 306 mil mdp en 2023. Ese monto multimillonario se destinó principalmente a las empresas Mota-Engil, ICA, CICSA y Grupo INDI.
A medida que avanzó el sexenio de 
Andrés Manuel López Obrador, los principales contratistas del Tren Maya firmaron nuevos contratos y convenios modificatorios multimillonarios con el Fondo Nacional de Fomento al Turismo (Fonatur), que dispararon los costos y los plazos del megaproyecto: los contratos originales para los primeros cinco tramos, que sumaban 130 mil millones cuando se celebraron —entre 2020 y 2021—, se habían disparado a 306 mil 357 millones de pesos en 2023.
Y este monto, cuya mayor parte se destinó a las empresas Mota-Engil, ICA, CICSA y Grupo INDI (a cargo de las obras de los tramos 1, 2, 3, 4 y 5 Sur), no incluye los 38 mil 741 millones de pesos erogados por la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena) en la construcción de los tramos 5 Norte, 6 y 7, ni la compra y el mantenimiento de los trenes, cuyo costo también creció, de 36 mil 563 millones de pesos en 2021 a 42 mil 489 millones de pesos en 2023.
una decena de informes de la Auditoría Superior de la Federación (ASF) sobre el Tren Maya da cuenta del descarrilamiento del presupuesto que ocurrió durante el desarrollo de este megaproyecto emblemático del sexenio pasado.
Aparte, la ASF detectó irregularidades por 2 mil 592 millones de pesos en las obras en 2023; de este monto, apenas 0.6% corresponde a las obras multimillonarias a cargo de la Secretaría de la Defensa Nacional (Defensa), una instancia hermética a la rendición de cuentas.
El caso Tramo 5, que en el plan original debía unir Cancún y Tulum, es revelador de la explosión de los costos: después de descartar una oferta del fondo de inversión BlackRock y de declarar desierta la licitación original, el Fonatur dividió la ruta en dos, una parte de Cancún a Playa del Carmen, y otra de Playa del Carmen a Tulum.
Licitó el Tramo 5 Sur a Grupo México y a la española Acciona, por 17 mil 815 millones de pesos, y encargó el Tramo 5 Norte a la Defensa, tras posponer y finalmente anular la licitación pública. Sin embargo, en noviembre de 2022 Grupo México alegó que le sería imposible técnicamente terminar la obra en los 11 meses requeridos, y el gobierno anunció la terminación anticipada del contrato. En su conferencia matutina del 22 de noviembre, López Obrador acusó a la empresa de incumplir con los términos del contrato.
Para sustituir a Grupo México, el gobierno subdividió el tramo en varias partes, y entregó contratos a sus contratistas consentidas, Mota-Engil, Grupo INDI e ICA. A finales de 2023, el monto de contratos vinculados al Tramo 5 Sur era cuatro veces superior al que había licitado el consorcio de Germán Larrea Mota Velasco: sumaba 80 mil 852 millones de pesos.
